Komitet Monitorujący Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego 2004-2006 został powołany Zarządzeniem Nr 3 Ministra Gospodarki, Pracy i Polityki Społecznej z dnia 22 stycznia 2004 r. W początkowej fazie funkcjonował jako Zespół-Komitet Monitorujący ZPORR (zespół doradczy Ministra) na podstawie art. 7, ust. 4 ustawy z dnia 8 sierpnia 1996 r. o Radzie Ministrów (Dz. U. z 2003 r. Nr 24, poz. 199 oraz Nr 8, poz. 717). Posiedzenie inauguracyjne  Zespołu-Komitetu odbyło się 22 marca 2004 r.

Na kolejnym posiedzeniu, 16 kwietnia, Zespół-Komitet przyjął Uzupełnienie ZPORR.

Z chwilą wejścia w życie ustawy z dnia 20 kwietnia 2004 r. o Narodowym Planie Rozwoju. (Dz. U. Nr 116, poz. 1206) możliwe stało się wydanie Zarządzenia Nr 15 Ministra Gospodarki i Pracy z dnia 26 lipca 2004 r. w sprawie powołania obecnego Komitetu Monitorującego ZPORR 2004-2006 (na podstawie art. 42 ust. 1 i art. 68 ust. 1 ustawy).

Zadania Komitetu oraz instytucje uprawnione do wyznaczenia swoich przedstawicieli do uczestnictwa w jego pracach zostały określone w ustawie o NPR, imienna lista jego członków - w ww. Zarządzeniu, a sposób jego funkcjonowania w Regulaminie przyjętym przez Komitet na I posiedzeniu 27 lipca 2004 r.

W skład Komitetu wchodzi aktualnie 72 członków, z tego:

• 30 osób ze strony rządowej (w tym przedstawiciele Instytucji Płatniczej, Instytucji Zarządzającej Podstawami Wsparcia Wspólnoty, Jednostek Monitorująco-Kontrolnych Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i Europejskiego Funduszu Społecznego, 7 ministrów właściwych ze względu na rodzaj działalności objętej programem oraz Pełnomocnika Rządu do Spraw Równego Statusu Kobiet i Mężczyzn, a także przedstawiciele 16 Wojewodów),
  
  
• 21 osób ze strony samorządowej (przedstawiciele 16 Marszałków Województw i 5 ogólnopolskich organizacji samorządu terytorialnego),
  
  
• 21 osób ze strony partnerów społecznych i gospodarczych (7 przedstawicieli pracodawców i pracobiorców, przedstawiciele środowisk akademickich, naukowo-technicznych, innowacyjnych, a także innych organizacji pozarządowych).

W naborze partnerów społecznych uczestniczyły Rada Główna Szkolnictwa Wyższego oraz Rada Działalności Pożytku Publicznego.

Ponadto w posiedzeniach Komitetu uczestniczą w charakterze doradczym przedstawiciele Komisji Europejskiej, w tym głównie Dyrekcji Generalnych Polityka regionalna oraz Zatrudnienie i polityka socjalna, Europejskiego Banku Inwestycyjnego, a także - jako obserwatorzy – przedstawiciele zainteresowanych instytucji krajowych, w tym Najwyższej Izby Kontroli oraz Biura Międzynarodowych Relacji Skarbowych (w strukturze Ministerstwa Finansów). Obradom Komitetu przewodniczy podsekretarz stanu w MGiP, Marek Szczepański, a funkcję jego zastępcy pełni Anna Siejda, dyrektor Departamentu Wdrażania Programów Rozwoju Regionalnego w MGiP - Instytucji Zarządzającej ZPORR.

Komitet, zgodnie z art. 35 Rozporządzenia Rady UE nr 1260 z dnia 21 czerwca 1999 r., odpowiada za nadzór nad realizacją programu. Jego najważniejszymi zadaniami są:

• rozpatrywanie i zatwierdzanie kryteriów wyboru projektów dla każdego działania ZPORR,
  
  
• okresowy przegląd postępów osiągania założonych celów wsparcia Funduszy Strukturalnych,
  
  
• badanie rezultatów wdrażania, a zwłaszcza postępu w osiąganiu celów/wartości docelowych założonych dla każdego działania, jak i rezultatów ocen przeprowadzonych w czasie okresu programowania, zatwierdzanie Uzupełnienia ZPORR, włącznie ze wskaźnikami rzeczowymi i finansowymi, używanymi do monitorowania wsparcia, i dokonywanie ewentualnych zmian w jego treści,rozpatrywanie i zatwierdzanie sprawozdań okresowych, a przede wszystkim sprawozdań rocznych oraz sprawozdania końcowego z wdrażania ZPORR, przed ich przekazaniem Komisji Europejskiej,
  
  
• rozpatrywanie i zatwierdzanie wszelkich propozycji zmian w treści decyzji Komisji Europejskiej w sprawie wkładu funduszy odnośnie do ZPORR,
  
  
• proponowanie Instytucji Zarządzającej dostosowań do zmian wsparcia z Funduszy Strukturalnych umożliwiających osiąganie celów oraz poprawę systemu zarządzania pomocą, w tym zarządzania finansowego, zatwierdzanie propozycji własnych Instytucji Zarządzającej ZPORR odnośnie do poprawek w sposobie zarządzania i wdrażania pomocy, zatwierdzanie planu promocji ZPORR.

W ramach Komitetu powołana została i jest aktualnie w trakcie organizacji Grupa robocza ds. oceny i wyboru projektów.